Klíšťová encefalitida byla do 40. let minulého století zcela neznámou nemocí. Až po roce 1945 došlo z neobjasněných důvodů ve střední Evropě k rozšíření nákazy virových meningokencefalitid a následně byla prokázána souvislost s přisátím klíštěte. Virus klíšťové encefalitidy byl poprvé v laboratorních podmínkách sledován z klíšťat z oblastí Berouna, Strakonic a Vyškova.

Dnes se nemoc vyskytuje téměř po celé Evropě (mimo Pyrenejského poloostrova, Velké Británie, Irska a Řecka) a v mírném pásmu Asie až po severní Japonsko. Infikovaná klíšťata se vyskytují i v nadmořských výškách nad 1000 m. n. m. V celé Evropě se každoročně klíšťovou encefalitidou nakazí kolem 10 000 lidí. Průběh onemocnění bývá závažnější u dospělých a starších lidí. Zejména starší pacienti mohou mít silnější potíže vyžadující větší počet dnů v nemocnici na jednotce intenzivní péče, může dojít k selhání životně důležitých orgánů a nejzávažnější formy nemoci mohou skončit i smrtí.

Počet onemocnění klíšťovou encefalitidou začal stoupat v 90. letech