Výstavba čtyř nových stanic, které byly do zkušebního provozu uvedeny 6. dubna 2015, měla stát 22,6 miliardy korun. V době schválení projektu byly tyto přepokládané náklady o pětinu navýšeny na 27,1 miliardy korun. Z toho 7,4 miliardy korun měla proplatit Evropská unie prostřednictvím operačního programu Doprava. NKÚ nemohl prověřit, jak Dopravní podnik hlavního města Prahy (DP HMP) s většinou těchto prostředků hospodařil a jestli je využil skutečně účelně a hospodárně, protože to neumožňovalo nastavení měřitelnosti celkové prospěšnosti akce a hlavně podle současného znění zákona o NKÚ se na ně nevztahuje jeho kontrolní působnost. Jedná se přitom o jednu z nejnákladnějších infrastrukturních akcí posledních let.

NKÚ se rozhodl prodloužení metra A zkontrolovat již v roce 2013 a kontrolu naplánoval na přelom let 2014 a 2015. Kontroloři při plánování kontroly vycházeli mimo jiné z projektové dokumentace, podle které mělo být v době kontroly zmíněných 7,4 miliardy korun, kterými na prodloužení metra měla přispět Evropská unie, již proplaceno z evropských fondů, případně alespoň předfinancováno ze státního rozpočtu. V tom případě by NKÚ hospodaření s těmito prostředky prověřit mohl.