Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy se ohrazuje proti závěrům kontrolní zprávy Nejvyššího kontrolního úřadu týkající se přidělování dotací nestátním neziskovým organizacím pracujícím s dětmi a mládeží v letech 2014 až 2016. Proces přidělování dotací byl vždy transparentní, do roku 2015 pouze platila obecnější kritéria než současné přesně definované bodování projektů. Všechny nálezy zmiňované ve zprávě NKÚ již navíc byly odstraněny.

MŠMT nově ustanovilo oddělení kontrol dotací sportu a mládeže od 1. 1. 2018. Programy procházejí interním vyhodnocením a následnou úpravou s cílem dosáhnout lepšího zacílení na aktuální problémy mládeže.