Členové kontrolní skupiny MZ měli za hlavní cíl ověřit soulad činnosti zdravotní pojišťovny nejen se zvláštními zákony upravujícími oblast veřejného zdravotního pojištění, zejména týkající se oblasti výběru pojistného, zajištění místní a časové dostupnosti zdravotní péče a s tím související smluvní politiku zdravotní pojišťovny. Současně posuzovali systém a procesy hospodaření a nakládání s veřejnými prostředky, a to jak pokud jde o naplňování cílů zdravotně pojistného plánu tak i pokud jde o výši a strukturu provozních nákladů. V dané souvislosti se zaměřili na nastavení kontrolních mechanismů zdravotní pojišťovny, včetně dodržování zákonných pravidel v oblasti finanční kontroly.

Převážná většina kontrolních zjištění z oblastí kontrolovaných MZ měla spíše charakter nesouladu s předpisy či obsahovala konstatování o nepřesnosti event. dílčím pochybení, ke kterým kontrolní skupina předložila příslušná doporučení. Společně se členy kontrolní skupiny z MF dále posoudili vynakládání finančních prostředků z pohledu účelnosti, hospodárnosti a efektivnosti v různých oblastech činnosti zdravotní pojišťovny.