Určité transakce z let 2004, 2005 a následně 2009 interní audit MF shledal pochybnými, přičemž potenciální škoda může dosahovat částek v řádech miliard korun českých. K podobným závěrům dospěla i nedávno dokončená kontrolní akce Nejvyššího kontrolního úřadu. Za účelem vyvrácení anebo potvrzení pochybností plynoucích jak z auditní zprávy, tak ze zprávy NKÚ, se Ministerstvo financí rozhodlo obrátit na orgány činné v trestním řízení.