Ministerstvo spravedlnosti se v současné době intenzivně zabývá připomínkami uplatněnými k oběma návrhům v rámci meziresortního vypořádacího řízení.

Dne 3. září se uskutečnilo 20. jednání Pracovní komise předsedy Rady vlády pro koordinaci boje s korupcí k whistleblowingu. Zástupci Ministerstva spravedlnosti a veřejného sektoru, nestátních neziskových organizací i akademické sféry se sešli, aby projednali budoucí podobu návrhu zákona o ochraně oznamovatelů a souvisejícího změnového zákona, ke kterým členové pracovní komise uplatnili připomínky. Ministerstvo spravedlnosti se tyto připomínky rozhodlo projednat nad rámec oficiálního meziresortního připomínkového řízení tak, aby výsledná podoba navrhované právní úpravy byla komplexní a dostatečně reflektovala dosavadní zkušenosti s ochranou whistleblowerů (oznamovatelů).

Největší výhrady zazněly stran podřazení ochrany oznamovatelů pod Ministerstvo spravedlnosti coby tzv. vnějšího oznamovacího systému, přičemž zástupci neziskových organizací argumentovali jeho nedostatečnou nezávislostí. Ministerstvo spravedlnosti s takovým názorem nesouhlasí.  To, že v čele ministerstva stojí člen vlády, dle názoru předkladatele neznamená, že ministerstvo v principu nepostupuje odborně či nezávisle. Právě s členem vlády je spojena jasná politická odpovědnost vůči vládě, resp. vůči Poslanecké sněmovně. Existují tedy záruky toho, že agenda bude vykonávána s náležitou péčí, pod hrozbou vyvození politické odpovědnosti tělesem, který má ve státě nejvyšší míru legitimity. Pokud by byla agenda svěřena úřadu, v jehož čele není osoba s politickou odpovědností, může být zjednání nápravy v praxi velice obtížné.