Zjištění uvedená v nálezu NKÚ proto použije MŽP k dalšímu zlepšení nastavených opatření a zavádění nových. MŽP dále konstatuje, že se NKÚ dopouští několika dezinterpretací a mylných závěrů, které nyní uvádíme na pravou míru. Zároveň Státní fond životního prostředí ČR odmítá tvrzení NKÚ, že nesleduje a nevyhodnocuje přínosy podpořených projektů v Národním programu Životní prostředí ve vztahu ke kvalitě ovzduší.

MŽP aktuálně v rámci probíhající aktualizace Národního programu snižování emisí připravuje dodatečná opatření pro zlepšení kvality ovzduší v ČR, která nahradí efekt těch, která se dosud nepodařilo zrealizovat. Stejně tak by se měly zachovat i další subjekty, které jsou odpovědné za plnění opatření ke zlepšení kvality ovzduší jak na národní, tak na regionální i lokální úrovni.

V tiskové zprávě NKÚ se neobjevuje zásadní informace, že ČR díky již realizovaným opatřením předčasně splnila 4 z pěti ze svých mezinárodních závazků ve snižování emisí k roku 2020 a u pátého se blížíme ke splnění. Současně NKÚ nesprávným způsobem zachází s tzv. nepřekročitelnými hodnotami emisí, které jsou stanoveny v Národním programu snižování emisí ČR (NPSE) k roku 2020, a dospívá k mylnému závěru, že nebudou splněny.

MŽP zveřejnilo 17. 1. 2019 v rámci veřejné konzultace aktualizovanou analytickou část NPSE.

NKÚ dále konstatuje, že se kvalita ovzduší v kontrolovaných letech nezlepšila. Tento závěr, vycházející z meziročního srovnání, je značně zavádějící. Kvalita ovzduší se v ČR postupně zlepšuje. Je však nezbytné dodat, že i přesto se v některých lokalitách imisní limity dosud nepodařilo dosáhnout. Meziroční výkyvy v kvalitě ovzduší ovlivňují významně rozptylové podmínky, které nelze ovlivnit a které jsou především v zimním období velmi nepříznivé, což způsobuje kumulaci znečišťujících látek a nárůst imisních koncentrací nad stanovenou mez. Stejně tak nelze jednoduše zamezit přenosu znečišťujících látek ze zahraničí, které se především v příhraničních oblastech podílí na překračování imisních limitů.