MO hospodařilo s majetkem a penězi státu v rámci plnění úkolů VHÚ ve většině případů bez zásadních nedostatků. V případě rekonstrukce Armádního muzea Žižkov NKÚ ale identifikoval vícepráce nejméně za 28 milionů korun, kterým bylo možné předejít. Kromě toho zjistil i nedostatky v plánování činnosti MO nebo ve vyhodnocování stanovených cílů.

Jednou z investičních akcí byla rekonstrukce Armádního muzea Žižkov, která podle smlouvy z roku 2018 měla vyjít na téměř 724 milionů korun. Kontroloři zjistili, že rekonstrukci provází množství víceprací, které v době kontroly dosahovaly 192 milionů korun. To představuje zhruba čtvrtinové navýšení původní ceny. Část těchto víceprací vychází z objektivních a nepředvídatelných důvodů, které nebylo možné předpokládat v době přípravy projektu. Dodatečné práce v hodnotě nejméně 28 milionů korun ale naopak plynou z chyb v projektové dokumentaci, kterým mohlo MO předejít. Jde hlavně o nedostatečné nebo nepřesné vymezení druhu a množství stavebních prací. V době kontroly nebyla rekonstrukce ukončena, a tak existuje riziko, že dojde k dalšímu navýšení konečné ceny.

Termín pro dokončení rekonstrukce Armádního muzea Žižkov se posunul z listopadu roku 2020 na září roku 2021 i kvůli chybám vzniklým v projektové fázi.