Při evidenci a inventarizaci kulturních předmětů, jako jsou mobiliární fondy, historické knihovny nebo archeologické nálezy, se NPÚ řídil podle svých vnitřních předpisů. V ČR totiž neexistuje speciální zákon, který by upravoval evidenci, inventarizaci a péči o kulturní předměty. Zvláštní zákon řeší jen sbírky muzejní povahy. NPÚ spravuje čtyři takové sbírky, ale ani jednu z nich neevidoval zcela správně a neprovedl u nich inventuru podle požadavků tohoto zákona. Při oceňování archeologických nálezů nepostupoval NPÚ jednotným způsobem. V letech 2018 a 2019 pak při inventarizaci nezjistil, že má ve své správě tři nově získané zámecké knihovny.

Kontroloři zjistili nedostatky také v účetnictví NPÚ. Nevedl v něm například dvě nemovité kulturní památky – karlínskou Invalidovnu a objekt v Liliové ulici v Praze – v pořizovací ceně více než 96 milionů korun. V účetnictví NPÚ zjistili kontroloři nedostatky také v odpisování a oceňování majetku nebo účtování v nesprávném časovém období. To vše mělo dopad na údaje v účetních závěrkách.

Při nákupu právních služeb nepostupoval NPÚ tak, jak by měl. Například u dvou smluv sjednal jejich zpětnou účinnost. Za služby, které využíval ještě před uzavřením těchto smluv, zaplatil celkem přes 145 tisíc korun. Navíc zaplatil advokátní kanceláři i za služby, na které mohl využít své vlastní zaměstnance. V dalším případě NPÚ zaplatil přes 240 tisíc korun za právní služby na základě smlouvy, která už vypršela nebo u ní byla vyčerpána maximální sjednaná částka k úhradě.