Ministerstvo v březnu roku 2015 používalo 112 různých informačních systémů za zhruba 345 milionů korun. Kontroloři se zaměřili na informační systémy za více než 127 milionů korun. Zjistili, že jeden z těchto IT systémů nikdo nevyužívá, další ministerstvo vůbec nespustilo. Zadávání některých veřejných zakázek na IT systémy a s nimi spojené služby resort navíc vůbec neřídil, což vedlo k tomu, že obdobné služby ministerstvo nakupovalo za podstatně rozdílné ceny.

Ministerstvo zaplatilo sedm milionů korun za dva informační systémy, které nikdo nevyužívá. Jde o informační systém NECHELA, s jehož pomocí se má obchodovat s nespotřebovanými chemikáliemi na komoditní burze. Obchodování pomocí tohoto systému mělo vedle efektivnějšího a výhodnějšího nakládání s těmito látkami také omezit zakládání nelegálních skladů nepotřebných chemikálií. Od jeho vzniku v roce 2010 se v něm ale zobchodovaly chemikálie jen za 13 tisíc korun, přičemž samotný systém vyšel na 5,3 milionu korun. Od roku 2012 se s pomocí tohoto systému neuzavřel žádný obchod. Ministerstvo přitom ještě před jeho vytvořením vědělo, že o systém není zájem, a to hlavně kvůli přísným pravidlům a také některým chybějícím předpisům.