Nejvýznamnější nedostatky v účetní závěrce vznikly tím, že MS Praha neúčtoval některé své významné závazky a náklady v okamžiku jejich vzniku. Šlo zejména o odměny a náhrady výdajů pro obhájce, znalce, tlumočníky a další účastníky soudních řízení. Účetní výkaz rozvaha a výkaz zisku a ztráty proto nevypovídaly o tom, co se v daném roce opravdu stalo.

V přehledu o peněžních tocích MS Praha vykázal stav peněžních prostředků, který neodpovídal skutečnosti podle rozvahy. V příloze účetní závěrky pak soud nevykázal částky budoucích nároků a povinností, které vyplývají z jeho rozhodovací činnosti. Jde například o soudní poplatky, peněžité tresty a o náhrady za ustanovené advokáty. Ve všech případech se jednalo o významné systémové nedostatky v oblasti účetnictví a výkaznictví.