Kontrola probíhala i v otevřeném účetním období 2020. MPO tak mohlo průběžně opravovat účetní nesprávnosti, které kontroloři zjistili. Hodnota opravných účetních zápisů činila 45,1 miliardy korun. Následně MPO sestavilo účetní závěrku, ve které kontroloři zjistili další významné nesprávnosti ve výši 1,9 miliardy korun. MPO i tyto případy opravilo a sestavilo za rok 2020 novou závěrku, která dle názoru NKÚ podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Ve vedení účetnictví kontroloři zjistili přetrvávající nedostatek, který ale neměl vliv na účetní závěrku za rok 2020. Tento nedostatek měl však dopad na čtvrtletně sestavované a ministerstvem předávané účetní záznamy. MPO totiž neúčtuje o poskytnutých zálohách na transfery, přičemž až do okamžiku jejich vyúčtování (finančního vypořádání) se jedná o pohledávky za příjemci transferů. Jde přitom o významné účetní případy, které jen na kontrolovaném vzorku představovaly 27 miliard korun.