Tyto dotace jsou určeny zejména pro malé a střední podniky, ale také velké firmy, výzkumné instituce a další subjekty. Kromě úspěšnosti čerpání dotací kontroloři prověřili, jakým způsobem Ministerstvo průmyslu a obchodu (MPO) nastavilo pravidla pro rozdělování peněz nebo hodnotilo dopady rozdělené podpory. U Agentury pro podnikání a inovace se zaměřili například na to, jak agentura hodnotila projekty k podpoře či kontrolovala výběrová řízení. Na vzorku 12 příjemců, kteří získali téměř 220 milionů korun, pak kontroloři zjišťovali, jak příjemci dotace využívali a jestli dodržovali pravidla spojená se získáním podpory. Na investice z OP PIK do výzkumu, vývoje a inovací je pro Českou republiku v programovém období 2014 až 2020 připraveno 34,8 miliardy korun.

Na rozvoj výzkumu a vývoje pro inovace z OP PIK byly na podzim roku 2018 proplaceny projekty za přibližně 3,5 miliardy korun. To představuje zhruba 10 procent z připravených dotací. Z pohledu projektů schválených k podpoře byla situace příznivější – ve stejné době MPO schválilo projekty za zhruba polovinu z připravených peněz, přibližně za 16,7 miliardy korun.