Nedostatky v hospodaření knihoven se týkaly například pronájmů prostor. NK tak v roce 2015 prodloužila nájemní smlouvu prodejně suvenýrů na dobu o 2 roky delší, než jí dovoluje zákon. Dále obě knihovny neřešily pozdní platby za pronájmy některých prostor a také u nájemců nevymáhaly sankce za pozdní platby.

Knihovny chybovaly i při prodeji majetku. NK v některých případech nestanovovala prodejní ceny v takových výších, které by odpovídaly danému místu a času, a nenabízela nepotřebný majetek ostatním státním organizacím. Obě knihovny v několika případech nezjišťovaly zájemce o koupi ve výběrovém řízení, ale prodaly majetek předem vybranému zájemci.

NK porušila zákon o veřejných zakázkách, když rozdělila zakázku na IT služby související s digitalizací knihovního fondu. Snížila tím předpokládanou hodnotu zakázky a snažila se tak vyhnout povinnosti zadat veřejnou zakázku postupem podle zákona o zadávání veřejných zakázek. NKÚ proto oznámil finančnímu úřadu podezření na porušení rozpočtové kázně až do výše 8 milionů korun.

Obě knihovny také spravují sbírky muzejní povahy. Zatímco MZK neměla při její správě žádné nedostatky, NK neměla určenou osobu zodpovědnou za tuto sbírku a staraly se o ni tři útvary najednou, navíc každý z nich vedl evidenci sbírkových předmětů různým způsobem.

NKÚ poukazuje i na to, že dosud chybí legislativa zaměřená na uchovávání kulturního dědictví v digitální podobě. Ta by měla upravit povinné výtisky u publikací, které existují jen v elektronické podobě. Zákon totiž ukládá vydavatelům povinnost zasílat knihovnám povinné výtisky jen u tištěných publikací.

NKÚ také porovnal NK s dalšími národními knihovnami z 12 evropských zemí. Pokud jde o digitalizaci knihovních fondů, je NK na druhém místě v počtu digitalizovaných stran. Pokud jde o prostředky na činnost knihovny v přepočtu na jednu knihovní jednotku, je jejich objem, ve srovnání s dalšími evropskými zeměmi, relativně nízký. NK má například téměř o polovinu méně prostředků na svou činnost než knihovna rakouská.