Kontroloři se zaměřili především na Národní elektronický nástroj (NEN), což je jedna ze součástí NIPEZ. Vybudování a provoz NIPEZ stály přibližně 700 milionů korun.

Elektronizace veřejných zakázek měla uspořit až 50 miliard korun ročně a zprůhlednit zadávání veřejných zakázek. Faktem je, že tento cíl, který si v rámci strategie elektronizace zadávacího procesu stanovila vláda, se nepodařilo splnit. Druhým hlavním cílem této strategie bylo právě vybudování NEN, s jehož pomocí MMR plánovalo v roce 2015 ušetřit 5 miliard korun. NEN je sice od srpna 2015 v ostrém provozu, ale jeho vybudování, spuštění i samotný provoz provázela řada vážných problémů.

Spuštění NEN do ostrého provozu se zpozdilo o dva a půl roku, přestože původně mělo trvat osm měsíců. Jeho vytvoření stálo ministerstvo více než 230 milionů korun. Další 4 miliony korun měsíčně stojí MMR jeho provoz. Plánovanou úsporu pro veřejný rozpočet ve výši 5 miliard korun ale NEN nepřinesl. Zadavatelé jej totiž využívají jen minimálně, protože jeho použití není ze strany veřejných zadavatelů povinné. Za první dva měsíce ostrého provozu na něm bylo zveřejněno jen sedm veřejných zakázek, potom sice počet registrovaných zadavatelů vzrostl, ale řada z nich NEN využívá jen ke zveřejňování informací.