Přitom posílení transparentnosti a zavedení funkčního systému vyhodnocování využití poskytnutých podpor byly očekávanými přínosy vzniku NSA. K naplnění těchto očekávaných přínosů tedy vznikem NSA nedošlo.

NSA nesledovala a nevyhodnocovala, zda výdaje, které vynakládá, vedly např. k zastavení poklesu tělesné zdatnosti dětí a mládeže, k zastavení růstu nadváhy a obezity u dětí a mládeže či ke snížení ekonomické spoluúčasti rodin ve sportu. Ale i toto byly očekávané dopady a priority vynaložených podpor.

MŠMT ani NSA nepostupovaly při poskytování dotací v některých případech transparentně a v souladu s právními předpisy. Proces administrace žádostí o podporu byl jak u MŠMT, tak i v NSA u jedné pětiny kontrolovaných dotačních výzev zdlouhavý. MŠMT za roky 2019 a 2020 vydávalo rozhodnutí o poskytnutí dotace v průměru po 90 až 300 dnech a NSA za roky 2021 a 2022 tato rozhodnutí vydávala v průměru po 172 až 335 dnech.