Nepodařilo se však naplnit záměr OP Rybářství vytvořit organizace producentů ani cíl národní strategie, kterým bylo zvýšení spotřeby sladkovodních ryb v ČR. Vyplývá to z výsledků kontroly NKÚ, která prověřovala, jak nakládali MZe, Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) a 11 vybraných příjemců dotací v letech 2014 až 2021 s prostředky OP Rybářství.

Podle kontrolorů jsou specifické cíle OP Rybářství ze strany MZe a příjemců podpory průběžně plněny, vzájemně provázány a existuje reálný předpoklad pro jejich naplnění. Jen u opatření na podporu inovací nestanovilo MZe vhodné ukazatele (indikátory), aby přinášely dostatečné informace o přínosech těchto inovací v praxi. MZe tedy nemá přehled, v jaké míře a zda vůbec jsou inovace ve skutečnosti zaváděny do rybářské praxe.