Následným zrušením EET v lednu 2023 ztratili správci daně jeden z významných nástrojů pro cílené prověřování daňových úniků, v případě DPH pro odhalování daňových subjektů, které se nezaregistrovaly k DPH, přestože překročily zákonný limit pro povinnou registraci. Konstatuje to NKÚ po ukončení kontroly zaměřené na vybraná opatření proti daňovým únikům na DPH.

NKÚ vyhodnotil peněžní prostředky vynaložené Generálním finančním ředitelstvím (GFŘ) na kontrolní hlášení v letech 2015–2022 ve výši 257,6 mil. Kč jako účelné. Analýzou dat z kontrolních hlášení detekovala FS ČR více než 10 mil. rizikových transakcí a doměřila DPH za roky 2016–2022 ve výši 10,8 mld. Kč, což je 16 % z celkem doměřené daně v těchto letech. Mezi nejčastější zjištění FS ČR patřilo např. neoprávněné uplatnění odpočtu DPH z fiktivních faktur nebo to, že podnikatelé finanční správě neprokázali, že nákupy služeb, zboží či materiálu z přijatých faktur použili skutečně pro svoji ekonomickou činnost.