Nejvyšší kontrolní úřad prověřil peníze z dotací EU a státního rozpočtu poskytované v programovém období 2007–2013 v rámci „Programu rozvoje venkova“ prostřednictvím iniciativy LEADER. Ta měla za cíl zlepšit kvalitu života ve venkovských oblastech prostřednictvím zapojení místních subjektů. Kontroloři se zaměřili nejen na to, jak Ministerstvo zemědělství (MZe) tuto část programu řídilo. Prověřili také výběr projektů, administraci a přidělování dotací žadatelům ze strany Státního zemědělského intervenčního fondu a místních akčních skupin (MAS), které působily v konkrétních oblastech ČR. Podle kontrolorů byla administrace projektů duplicitní a zdlouhavá. Ministerstvo dostatečně neřídilo a nevyhodnocovalo, jestli a jaký přínos měly projekty konečných příjemců. Na rozvoj venkova prostřednictvím iniciativy LEADER přitom putovaly téměř 4 miliardy korun.

Kontroloři prověřili také to, jak je nastaveno rozdělování peněz v programovém období 2014–2020, a zjistili závažné problémy. Kvůli ještě složitějšímu a náročnějšímu systému rozdělování dotací, než v předchozím období, se zpozdil začátek čerpání peněz z EU. Za první tři roky aktuálního programového období se tak na komunitně vedený místní rozvoj nevyčerpaly žádné peníze z EU. Podle NKÚ existuje riziko, že se do konce období nestihnou všechny přidělené prostředky vyčerpat.