Zásadním problémem změn v nastavení společného vzdělávání, které v roce 2016 prosadila přes odpor odborné veřejnosti tehdejší ministryně školství Kateřina Valachová, je přetrvávající deficit finančních i lidských zdrojů. Personální kapacita poradenských zařízení je nedostatečná a jsou přetížena administrativními úkony. Ve školách chybí speciální pedagogové, kvalifikovaní asistenti i další podpůrný personál. Významným nedostatkem je povinnost upřednostnit inkluzi dítěte v běžné třídě i proti vůli jeho rodičů, kteří by raději volili třídu speciální. A to i v situacích, kdy pro společné vzdělávání nejsou ve škole vhodné podmínky, například kvůli přeplněnosti tříd. Současné nastavení inkluze zavalilo školy obří byrokratickou zátěží. Uvedené nedostatky návrh novely vyhlášky částečně napravuje.