Tento operační program, který běžel v letech 2007 až 2015, měl posílit konkurenceschopnost české ekonomiky a pomoci inovacím v průmyslu a službách. Celkem putovalo do programu přes 84 miliard korun z evropských fondů. Kontroloři prověřili 61 projektů, které získaly dotace za 1,1 miliardy korun. Z kontroly vyplynulo, že projekty měly sice pozitivní vliv na podpořené podniky, nejde ale zhodnotit, jestli a do jaké míry pomohly zvýšit konkurenceschopnost České republiky a podpořit inovace. MPO nastavilo globální i některé dílčí cíle příliš obecně, takže dopady programu nešlo vyhodnotit. U každého pátého projektu také selhala kontrola ze strany MPO.

Kontroloři prověřili šest prioritních os programu Podnikání a inovace. Každá z nich měla svůj dílčí cíl zaměřený na určitou oblast. Prioritní osy se zaměřovaly na vznik firem, rozvoj firem, efektivní využití energie, inovace, vytvoření prostředí pro podnikání a inovace a na služby pro rozvoj podnikání. Naplnit dílčí cíle se podařilo u dvou prioritních os, u tří os byly splněny částečně a u jedné prioritní osy zůstal cíl nesplněn. Prioritní osy, u kterých se podařilo cíle zcela splnit, tvořily přes 40 % peněz alokovaných na celý operační program.