Nicméně první analýzou kontrolních hlášení byly též u některých plátců zjištěny v jejich vykázaných obchodních případech nesrovnalosti, které správce daně nyní musí prošetřit.

Jedním z možných způsobů prošetření je zaslání výzvy k prověření nesrovnalostí podle zákona o dani z přidané hodnoty. Plátce daně je na základě této výzvy povinen do pěti dnů podat následné kontrolní hlášení, jinak se vystavuje postihu ve formě sankce ve výši minimálně 30 tisíc korun.