Mezi hlavní témata jednání patřilo nejen přerozdělování uprchlíků v rámci kvót, ale také potřeba revize Dublinského systému, na které se shodla většina zúčastněných zemí. Obě Evropskou komisí předkládané varianty nového azylového systému jsou ale v  rozporu s dlouhodobou pozicí České republiky v otázce povinného přerozdělování migrační zátěže napříč členskými státy. „Spolková republika Německo dnes přišla s návrhem, abychom jednali o variantách, které nás spojují. Evropská komise tak slyšela nejrůznější spektrum názorů a záleží na tom, k jaké variantě se přikloní,“ uvedl Jiří Nováček.

S tématem migrace úzce souvisí i sdělení Komise k reformě společného evropského azylového systému a posilování legálních cest do Evropy. Tento dokument má ambici zahájit reformu společného evropského azylového systému. „Stále trváme na tom, že relokační mechanismus není životaschopný, ale jsme připraveni vést diskusi o smysluplných návrzích, které by azylový systém zlepšily,“ dodal Nováček.

V souvislosti s řešením migrační krize zástupci EU diskutovali také o aktuálním stavu implementace prohlášení EU – Turecko ze dne 18. března 2016. Rada chce věnovat zvýšenou pozornost aktuální situaci v Řecku, tamní humanitární situaci a otázce provádění relokací a přesídlování žadatelů o azyl. Česká republika jednoznačně vítá opatření, která povedou k celkovému snížení objemu nelegální migrace do EU. Pro své zapojení do přesídlovacích mechanismů považuje za klíčové otázky bezpečnosti a dobrovolnosti.

Dalšími tématy byly například zpráva o pokroku v projednávání návrhu nařízení o Evropské pohraniční a pobřežní stráži, znovu se otevřela témata tzv. inteligentních hranic a návrh na změnu Schengenského hraničního kodexu. České republika v obecné rovině všechny tyto návrhy podpořila.