Při modernizaci bude trať z Prahy do Benešova přesunuta do přímější trasy přes plochu bývalého seřazovacího nádraží ve Vršovicích. Do souběhu s ní bude přeložena i trať z Prahy-Malešic, společně tak vytvoří čtyřkolejný úsek. Díky narovnání tratě dojde ke zkrácení kolejí o 232 m a ke zvýšení rychlosti v oblasti Strašnic na 120, ve Vršovicích pak na 85–105 km/h.

„Stávající strašnická zastávka ani stanice ve Vršovicích nenabízejí optimální přestupní vazby na MHD. Trať přitom kříží na dvou místech frekventované autobusové linky, aniž by na ně bylo možné přestoupit. Proto právě v těchto místech vzniknou nová nádraží. Železniční stanice Praha-Zahradní Město vyroste přímo nad rozšířeným podjezdem Průběžné ulice. V něm budou umístěny zastávky tramvaje, v těsném sousedství pak zastávky autobusu,“ uvedl náměstek generálního ředitele SŽDC pro modernizaci dráhy Mojmír Nejezchleb. V opěře podjezdu naleznou cestující čekárnu a odbavovací prostory. Z podchodu na nástupiště se dostanou nejen po chodnících a schodištích, ale i výtahy a eskalátory.