SZPI disponuje tímto certifikátem kvality nikoliv pouze pro ústřední inspektorát, ale i pro všech sedm krajských inspektorátů. SZPI je jediným dozorovým orgánem v ČR, který je certifikován podle standardu ISO 9001, přičemž tento standard se vztahuje na všechny zaměstnance úřadu. Zároveň jsou systémem řízeny veškeré procesy spojené s úřední kontrolou potravin. Budování systému managamentu kvality bylo v organizaci zahájeno již v roce 2003.