Mezi nejzávažnější komplikace patří nedostatek adeptů na veřejně prospěšné práce a dále to, že lidi, kteří se osvědčili, nelze takto zaměstnat na déle než jeden rok a smlouvu s nimi nelze uzavřít opakovaně. I lidé ochotní pracovat tak zbytečně končí v evidenci úřadů práce.

Velkým problémem pro veřejně prospěšné práce se ukázaly být exekuce, především proto, že vysoké srážky jsou pro pracovníky na VPP demotivující. SMS ČR proto vyzývá k tomu, aby tento problém byl řešen v rámci diskusí k novele insolvenčního zákona.

Obce institut veřejně prospěšných prací podporují i přesto, že na něj doplácejí z vlastních zdrojů, když doplácejí měsíční odměnu pracovníků do úrovně minimální mzdy. Chápou totiž, že se jedná o způsob, jak u dlouhodobě nezaměstnaných a jinak znevýhodněných osob udržet pracovní návyky a usnadnit tak jejich opětovné zapojení do pracovního procesu.