30. července 1965 ji při vykopávkách této tunelovité vápencové sluji ve vrstvě 7a objevil preparátor Moravského (zemského) muzea Vilém Gebauer. Později ji podrobněji popsal a determinoval antropolog a zakladatel pavilonu Anthropos Jan Jelínek (1926-2004). První průzkumy Kůlny zahájil již v roce 1881 Jindřich Wankel, následně na něj navázali Martin Kříž a Jan Knies.

„Z jednotlivých etap archeologického výzkumu Kůlny byl získán jeden z nejúplnějších průřezů sedimenty od středního až do mladého paleolitu ve střední Evropě. Mezi nálezy mají významné místo právě kosterní pozůstatky neandertálců a kamenné nástroje staré až 130 000 let. Ve vstupním prostoru jeskyně se našly také artefakty od neolitu až po středověk,“ připomíná Petr Zajíček ze Správy jeskyní České republiky. 

Kůlna byla dříve samostatnou jeskyní, za druhé světové války ji poznamenala snaha nacistů přestavět ji na továrnu na letecké motory. V 90. letech 20. století byla prostříleným tunelem propojena se systémem Sloupsko-šošůvských jeskyní a skrze ni návštěvníci vycházejí na konci prohlídkového okruhu na povrch. Předtím si ale mohou uvnitř prohlédnout expozici Jeskyně a lidé.