Za jeden a půl století existence se výrazně rozšířilo, prošlo celou řadou rekonstrukcí a modernizací, další stavební akce se momentálně realizují či proběhnou v následujících letech. Jejich cílem je vytvořit moderní a nejen pro cestující přívětivé nádraží odpovídající požadavkům 21. století.

V prosinci 1871 začal provoz na tehdejší Dráze císaře Františka Josefa z Prahy do Benešova, Tábora a Vídně, která si postavila své nádraží na pomezí Žižkova a Vinohrad. Začátkem 20. století bylo přestavěno a zvětšeno. V letech 1901 až 1908 se zde postavila nová výpravní budova v secesním slohu podle vítězného architektonického návrhu Josefa Fanty. Ve stejném období byly vybudovány podchody, z let 1905 až 1906 pochází ocelová oblouková hala nad čtyřmi nástupišti. Dalším historickým milníkem bylo v roce 1928 zahájení elektrického provozu na tehdejším Wilsonově nádraží.