Přestože mokřady patří mezi nejdůležitější ekosystémy, jejich rozloha se zmenšuje a počet klesá. Česká republika aktuálně eviduje 14 mokřadů mezinárodního významu. Mezi nejvýznamnější patří např. Krušnohorská rašeliniště nebo Mokřady Dolního Podyjí. Státní pozemkový úřad se snaží svými realizacemi vodohospodářských zařízení přispět ke zvýšení počtu revitalizovaných nebo nově vytvořených mokřadů, které fungují efektivněji než klasické rybníky a jsou klíčové pro zadržování vody v krajině.

Mezi významné příklady dobré praxe SPÚ lze zařadit zejména realizace v Bělotíně (ZDE), Brodu nad Dyjí (ZDE), Bynovci na Děčínsku (ZDE), Čehovicích (ZDE), Černilově (Boháčův lesík - ZDE), v Drslavicích (na pravém břehu Holomně - ZDE), Horním Lánově, Košíně, Lichkově (ZDE), Lukavicích u Rychnova nad Kněžnou, Prosiměřicích, Skřípově (ZDE), Sověnicích nebo Štěpánově u Leštiny.