V rámci připomínkového řízení k uvedenému zákonu, které probíhalo v roce 2011, ÚOOÚ uplatnil zásadní připomínky, zejména týkající se slučování registrů, poskytování rodného čísla, a registru lékařů. Ministerstvo zdravotnictví zásadní připomínky ÚOOÚ neakceptovalo a zákon č. 372/2011 Sb. byl následně schválen Parlamentem.

Oproti uzákonění NZIS probíhalo v roce 2015 připomínkové řízení k novele zákona č. 372/2011 Sb. a o reformě NZIS intenzivně osobním jednáním zástupců Ministerstva zdravotnictví, ÚOOÚ a ředitele Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS), který objasnil podstatu a obsah reformy NZIS. V rámci jednání vycházel ÚOOÚ z již daného stavu NZIS tak, jak byl nastaven zákonem v roce 2011. Podstata připomínek ÚOOÚ však tentokrát byla Ministerstvem zdravotnictví akceptována a do důvodové zprávy zapracována. ÚOOÚ vzal na vědomí stanovisko vedení Ministerstva zdravotnictví i ÚZIS, jako odborných garantů novely, že jiná podoba reformy NZIS není vzhledem k danému stavu možná a že jejich cílem je konečně zprovoznit NZIS tak, aby byl smysluplný a funkční a umožnit následně postavit NZIS na zcela nových základech.