Přístup k ochraně biometrických údajů je v současné době dán jednak zákonným vymezením části biometrických údajů, které jsou považovány za citlivé údaje ve smyslu § 4 písm. b) zákona o ochraně osobních údajů, jednak výkladovým stanoviskem Úřadu pro ochranu osobních údajů č. 3/2009. Toto stanovisko, v mezích uvedeného zákonného ustanovení, prakticky rozdělovalo systémy s biometrickými údaji na ty, s nimiž lze zacházet jako s běžnými systémy zpracovávajícími osobní údaje, a na systémy s citlivými údaji, které vyžadují zvláštní, resp. přísnější systém ochrany.

Dne 25. května 2018 nabývá účinnosti evropský předpis, který nově nastavuje ochranu osobních údajů mj. z důvodu proměn a rychlého rozvoje technologií, tzv. obecné nařízení o ochraně osobních údajů (nařízení Evropského parlamentu a Rady, č. 2016/679). Ve svém čl. 9 upravuje zpracování biometrických údajů za účelem jedinečné identifikace fyzické osoby. Tato úprava přináší podstatnou změnu v právním pohledu na technologie zpracovávající biometrické údaje, mj. také v tom, že uchovávání biometrických šablon (template) a jejich zpracování za účelem identifikace osob považuje za zpracování zvláštní kategorie osobních údajů.