Běžně se podává druhá dávka za 1-3 měsíce po první a třetí pak s odstupem max. 12 měsíců. To znamená, že celé vakcinační schéma končí třetí dávkou vakcíny nejpozději před začátkem následující sezóny klíšťat. Existuje také možnost zrychleného schématu, kdy se druhou dávkou očkuje za 7 dní po první a třetí následuje za dalších 14 dní, ale pokud k tomuto není zdravotní důvod, je lepší absolvovat běžné schéma. Po podání tří dávek základního očkovacího schématu totiž přetrvávají dostatečné titry protilátek alespoň po dobu 3 let u běžného schématu, ale u zrychleného to může být méně.

Po absolvování třídávkového základního očkovacího schématu máte tedy dostatečnou imunitu proti klíšťové encefalitidě po dobu 3 let. Pak se má podat první posilovací dávka. Následná další přeočkování se mají provádět každých cca 5 let, u starších osob se ale doporučuje přeočkování častější, každé 3 roky.