Požadavek každoročního finančního vypořádání se státním rozpočtem dosud limitoval možnost poskytování podpory ze strany TA ČR v zálohové podobě tak, aby využití podpory nebylo omezeno kalendářním rokem.

Nové nastavení vyhlášky č. 367/2015 Sb. o finančním vypořádání však umožňuje prolomení bariéry financování podpory výzkumu, vývoje a inovací v rámci kalendářních let. Podpora bude nadále poskytována jako záloha v daném kalendářním roce dle závazných parametrů projektu, přičemž její výše bude vycházet ze schváleného návrhu projektu. Příjemce však nebude povinen nespotřebovanou část podpory v daném kalendářním roce vracet, bude ji rovněž moci využít i v roce následujícím, přičemž finanční vypořádání - výše poskytnutých prostředků, výše spotřebovaných prostředků, výše vratky - bude provedeno v roce následujícím po ukončení řešení projektu. Kontrola spotřebovaných prostředků v daném roce bude probíhat prostřednictvím průběžných zpráv a dalších kontrolních procesů TA ČR.  Tento mechanismus umožní efektivnější financování projektů výzkumu a vývoje a přispěje k reálnějšímu vykazování nákladů v rámci projektu. Rovněž tímto bude snížena administrativní zátěž na straně příjemce i TA ČR.