Systemizaci provedla vláda koncem loňska krátce po svém jmenování. Ministerstvo vnitra uvedlo, že změny souvisí s reorganizací práce ministerstev. Babiš kritizoval přebujelost státní správy a oznámil, že systemizace ušetří 18 milionů korun. Na ministerstvech a Úřadu vlády ubylo 14 sekcí, zrušeno bylo podle tehdejšího vyjádření vlády 23 služebních a 50 pracovních míst. Změny platné od ledna 2018 se dotkly i náměstků. Podle TI, která začátkem roku dopad systemizace ověřovala na ministerstvech i Úřadu vlády, skončilo ale zhruba o polovinu vysokých úředníků více.

„Ukázalo se, že jen na těchto oslovených úřadech přestalo z důvodů systemizace zastávat svou pozici 37 představených od úrovně ředitelů odborů výše,“ uvedla TI v tiskové zprávě. Ministerstva financí a životního prostředí navíc podle organizace na dotaz neodpověděla, nebo z odpovědí nebyly změny patrné.