Projekt stavby nové nemocnice ve Zlíně Malenovicích za osm miliard je na Zlínsku ostře sledovaným politickým tématem a rovněž bodem sváru mezi koalicí a opozicí. Opoziční zastupitelé z řad Soukromníků a Svobodných se domnívají, že spíše než stavět nemocnici novou, bylo by výhodnější modernizovat a rozšířit tu stávající. Zlín totiž jednu krajskou nemocnici již má v podání Nemocnice Tomáše Bati, takzvané „Baťovky“.

Čunkův nemocniční projekt nejprve zastupitelstvem neprošel (s podivem pro něj nehlasovalo ani hnutí ANO, které je s Čunkem na Zlínsku v koalici). Na prosincovém zastupitelstvu však Čunek narychlo zařadil hlasování o nemocnici mimo předem stanovený program jednání a nová nemocnice ve Zlíně-Malenovicích byla schválena.

Následně se však v reakci na zaslaný podnět ozvalo Ministerstvo vnitra ČR a z pozice dozorového orgánu doporučilo Zlínskému kraji hlasování o nemocnici zopakovat či výsledek prosincového zastupitelstva alespoň opětovně potvrdit. Zařazení hlasování o nemocnici, investici za několik miliard, by totiž dle výkladu ministerstva mohlo být v rozporu s platným zákonem o krajích, který udává povinnost programy jednání zastupitelstev dopředu zveřejňovat a to mimo jiné například i proto, aby se k projednávaným bodům na zastupitelstvech mohla vyjádřit laická i odborná veřejnost s předem připravenými stanovisky či argumenty.