NKÚ také vytýká pražskému magistrátu, že operační program řídí a zároveň kontroluje. Některá zjištění NKÚ předal finančnímu úřadu, který může udělit příjemcům sankce.

Úřad se zaměřil na operační program Praha Adaptabilita (OPPA), v kterém je pro období do roku 2013 vyhrazeno 127,5 milionu eur (asi 3,25 miliardy korun). Program podporuje neinvestiční projekty zaměřené mimo jiné na další profesní vzdělávání, sociální integraci nebo modernizaci středoškolské a vysokoškolské výuky. NKÚ kontroloval jak vybrané projekty, tak to, jak magistrát program řídí. Úřad prověřil rozdělení asi 423 milionů korun.

Úřad upozorňuje na to, že pražský magistrát program řídí a zároveň je jeho auditorem. Činnosti sice vykonávají dva různé odbory magistrátu, podle NKÚ tím ale "vzniká riziko, že nebude dodržena nezávislost výkonu funkce" auditora. "Tento problém byl i u jiných regionálních operačních programů," řekl ČTK mluvčí NKÚ Jaroslav Broža. Podle něj EU požaduje, aby se kontrola přesunula jinam. V budoucnu by ji zřejmě mohlo zajišťovat ministerstvo financí.