Ve zprávě za rok 2013 úřad například uvedl, že stát nehospodárně vybíral některé příjmy, málo účinně vymáhal daňové nedoplatky a nedodržoval pravidla pro poskytování dotací. Kvůli nehospodárnému nakládání s majetkem a penězi přichází státní rozpočet ročně o miliardy korun, konstatoval tehdy NKÚ. Úřad také často poukazuje na nehospodárné utrácení peněz nebo na neprůhledné zadávání veřejných zakázek.