Babiš byl v říjnu 2017 kvůli postupu při financování Farmy Čapí hnízdo obviněn z dotačního podvodu a z poškození finančních zájmů Evropské unie. Letos v dubnu ho policisté navrhli obžalovat. Podstatou případu je to, že společnost Farma Čapí hnízdo původně patřila Babišovu holdingu Agrofert. V prosinci 2007 se přeměnila na akciovou společnost s akciemi na majitele a později získala evropskou dotaci v programu pro malé a střední podniky, na niž by jako součást Agrofertu neměla nárok. Po několika letech se společnost pod Agrofert vrátila. Babiš vlastnil holding do předloňského února, pak jej vložil do svěřenských fondů.

Premiér vinu dlouhodobě odmítá. Stíhání kromě premiéra něj čelila i jeho žena Monika, dcera Adriana Bobeková, švagr Martin Herodes a bývalí členové společnosti Farma Čapí hnízdo Jana Mayerová a Josef Nenadál. I v jejich případě bylo stíhání zastaveno. Zastavení se netýkalo premiérova syna Andreje Babiše mladšího, kterého policie vyšetřuje zvlášť. Podle serveru Seznam Zprávy policie na konci října navrhla stíhání premiérova syna zastavit.