Deník MF Dnes v červnu s odvoláním na ministerský audit uvedl, že nemocnice přišla podezřelými transakcemi o 300 milionů korun. Tehdejší ředitel nemocnice Michal Šetlík ale označil zprávu auditorů za účelově zaměřenou a její výsledky za nesmyslné a neadekvátní. Ministerstvo nicméně v polovině září všechny námitky nemocnice vůči výsledkům kontroly zamítlo. Podle auditorů porušila nemocnice celkem 13 zákonů včetně trestního zákoníku.

„Se všemi nálezy kontroly se nemocnice vypořádá a přijme nápravná a systémová opatření," sdělila mluvčí nemocnice Martina Vápeníková. „Jednotlivé námitky kontroly Ministerstva zdravotnictví analyzujeme a vyvozujeme z nich další kroky, hlavním opatřením je samozřejmě postupné převzetí činností zajišťovaných dceřinými společnostmi," uvedla.

Nemocnice například pořídila v letech 2011 až 2013 přes dceřinou společnost Holte Medical, a. s. materiál a léky za celkem 3,35 miliardy korun. Marže této dceřiné firmy přitom představovala přes 295 milionů korun. Podle auditorů vynaložila nemocnice tyto peníze nehospodárně.