Náklady na kontrolu fungování mýta jsou až o polovinu vyšší než u současného systému. Hlavním důvodem nárůstu ceny je rozšíření mýta o téměř 870 kilometrů silnic první třídy. Vedle toho se rozšíří i některé činnosti auditora a jejich náročnost.

Nezávislý auditor by měl vykonávat expertní kontrolu dat o provozu vozidel v mýtném systému. Podle výsledků měření následně stanoví účinnost mýta. Ta podle současného správce mýta, společnosti Kapsch, nyní dosahuje 99,7 procenta. Budoucí provozovatel mýta, společnost CzechToll, uvedl, že při prvních testech nového systému byla úspěšnost detekce nové palubní jednotky ve vymezených mýtných úsecích také kolem 99,7 procenta.