Soud první instance v této kauze původně dvakrát zprostil. Odvolací soud dvakrát zasáhl. A když soudce Jan Šott nakonec Janu Nagyovou odsoudil, současně podle veřejně dostupných informací dal najevo, že jeho senát sám o vině nadále pochybuje. Novinky.cz citovaly jeho vyjádření, že senát je „nadále přesvědčen“, že Nagyová by odsouzena být neměla a že o vině jsou důvodné pochybnosti. Soudce zároveň uvedl, že Městský soud v Praze byl vázán názorem odvolacího Vrchního soudu v Praze.

Právě tato věta je důvodem, proč se případ stal víc než jen politicky sledovanou kauzou spojenou se jménem Andreje Babiše. Najednou totiž nejde pouze o to, zda měli Babiš a Nagyová nést trestní odpovědnost za dotaci na Farmu Čapí hnízdo. Jde o mnohem širší otázku: kdo v českém trestním řízení skutečně rozhoduje o vině a nevině?

Nalézací soud, který důkazy přímo provádí, slyší svědky a má bezprostřední kontakt s celým hlavním líčením? Nebo odvolací soud, který může rozsudek zrušit a poslat věc zpět s tak silným názorem, že soud první instance už fakticky nemá kam uhnout?

Tuto otázku nyní znovu otevřel komentář profesora Jiřího Chýly na Lidovky.cz. Kauzu popsal jako střet „Vrchního soudu v Praze proti Ústavnímu soudu v Brně“ a ptal se, jak nakonec skončí „sen o Babišovi v teplákách“. Podstatné ale není jen jméno autora komentáře. Podstatné je, že se dotkl slabého místa celé kauzy: smí odvolací soud nalézacímu soudu fakticky přikázat vinu?

Právě zde se otevírá problém, který je pro laickou veřejnost možná složitý, ale pro důvěru v justici zásadní. Odvolací soud samozřejmě může rušit rozsudky soudů nižší instance. Může říct, že soud něco neprovedl, že špatně použil právo, že jeho odůvodnění je nelogické nebo že pominul důležité důkazy. To je běžná role odvolacího řízení.