V současné době sídlí úřad v pronajatých prostorách v budově Tokovo v Praze-Holešovicích. Nový domov má být postaven na pozemku, který NKÚ vlastní v Praze-Holešovicích na Ortenově náměstí. Součástí nového sídla navíc podle všeho budou archiv a knihovna Poslanecké sněmovny. Podle prezidenta úřadu nebude v prvních dvou letech zapotřebí peněz ze státní kasy, protože se použijí nespotřebované peníze z předchozích let. „K dispozici máme více než 200 milionů korun,“ uvedl prezident NKÚ Miloslav Kala.

NKÚ bude mít na výdaje v příštím roce 599,6 milionu korun. Rozpočtový výbor sněmovny vzal na vědomí, že se nepodařilo vyčlenit vhodný objekt v majetku státu na území Hlavního města Prahy, ani pro tyto účely koupit jiný vhodný objekt. Rovněž požádal o vyčlenění prostor pro sněmovní archiv a knihovnu.