Nejčastěji používaný argument proti většímu vlivu EP zní, že do EP volí voliči jinak, než do národních parlamentů a že často jde o protestní hlasy, kterými si voliči vyřizují své účty se stávajícími národními vládami. 

Ačkoli je to za daného rozdělení moci v EU do určité míry pravda, cesta z tohoto stavu vede jen v pokračování nastoupeného vývoje, kdy o institucích EU budou stále více rozhodovat poslanci Evropského parlamentu. Tedy standardní způsob rozhodování, jaký je běžný v národních státech. 

Spor se vede i o to, zda má být EK neutrálním a spíše expertním orgánem, jako tomu bylo dosud, nebo zda si může dovolit vystupovat s určitým – řekněme politickým – programem, který by kopíroval výsledek voleb. 

K značné nelibosti určité části komentátorů většina evropských předsedů vlád přistoupila na návrh poslanců EP na obsazení pozice předsedy EK. Stane se jím politik nominovaný Evropskou lidovou stranou, která je nejsilnější frakcí v EP.