Málokdo už ale asi ví, jak právě za něj se společnost rozrostla a modernizovala a že Jan Antonín Baťa například rozvinul různé sociální programy pro své zaměstnance a ve Zlíně stavěl podle rad Le Corbusiera. 

Po válce byl ovšem odsouzen za kolaborantství a do obecného vědomí přešlo, že za okupace, kdy už ale žil v emigraci, z níž se nikdy nevrátil, údajně navrhoval přestěhovat český národ do Patagonie a tendenční román T. Svatopluka (ale do značné míry i trilogie Marie Pujmanové) jej líčily jako odporného vykořisťovatele.

Když se záhy po listopadové revoluci objevil doma jeho synovec Tomáš, tedy syn zakladatele, ukázalo se, že měl se strýcem Janem zásadní spor. Což jeho pověsti rovněž nepřidalo. I když byl posléze v Čechách rehabilitován a jeho kličkování mezi německými okupanty, zájmy firmy a podporou exilové vlády v Londýně uznáno jako nezločinné.