V souvislosti s vypuknutím Květnového povstáním, jehož 70. výročí si právě připomínáme, se stal místopředsedou České národní rady (ČNR), která se stala od února do května 1945 významným odbojovým orgánem, jenž se podílel velkou měrou na přípravě Pražského povstání. Machotka se v ČNR snažil ,,vyrovnat“ prosovětský kurz, který v ní byl zřetelný již od počátku.

Dlužno však dodat, že Machotka byl se svými postoji v ČNR v jasné menšině. Její jádro totiž tvořili radikálněji smýšlející levicoví členové, většinou poplatní komunistům – J. Kotrlý či prokomunistický sociální demokrat J. Kubát. Největší pozornost na sebe strhával komunista J. Smrkovský, který se snažil ostatním diktovat. ČNR jakožto zmocněnec košické vlády se podílela na přípravě Pražského povstání, jež bylo součástí celonárodního odporu proti nacistickému panství, a dosazovala do ústředních protektorátních úřadů své lidi. Protektorát Čechy a Morava byl ostatně v této době již skomírajícím tělesem a bylo otázkou času, kdy i po formální stránce zanikne.

I když v ČNR převládali prosovětští, resp. prokomunističtí činitelé, Sověti jí nedůvěřovali, protože ještě během povstání, 8. 5. 1945, byl podepsán text kapitulace německých vojsk a posádek generála Toussainta o složení zbraní, což bylo pro Moskvu z politického hlediska nepřijatelné.