Od roku 1833 studoval v Německém Brodě gymnázium. V roce 1838 gymnázium dokončil. Od toho samého roku studoval filosofii v Praze. Havlíček toužil po tom, aby mohl působit na výchovu českého lidu, vstoupil proto do kněžského semináře. Nelíbily se mu však poměry, které zde panovaly – kněžstvo bylo vychováno v konservatismu a také v duchu protinárodním. Na podzim 1841 proto seminář opustil a stal se až do konce života nekompromisním kritikem římskokatolické církve. Vystupoval rovněž proti celibátu, který byl dle jeho názoru proti přírodě a lidské přirozenosti. Navzdory tomu, že byl skeptik v ohledu kollárovského panslavismu, podílel se na organizaci Slovanského sjezdu (2.-12. 6. 1848).

Roku 1846 se stal na doporučení Františka Palackého redaktorem Pražských novin. Psal také do satirické přílohy časopisu Česká včela s názvem Žihadlo.

V revolučním roce 1848 odešel z Pražských novin, a za finanční pomoci šlechtice Vojtěcha Deyma založil vlastní Národní noviny, které dosáhly velké popularity. Národní noviny byly prvním deníkem v Českých zemích. Ačkoli byl Havlíček jedním z největších zastánců národní myšlenky, formu revoluce spíše odsuzoval. Byl si vědom slabé síly Čechů a případných následků, které mohly vrátit politiku o řadu let zpět. Obě tyto obavy se následným vývojem potvrdily.

Byl členem Národního výboru. Roku 1848 po potlačení povstání v Praze byl poprvé zatčen a několik dnů vězněn. Z důvodu získané imunity jej vojenští správci Prahy propustili. V této době byl totiž ve volbách roku 1848 zvolen na rakouský ústavodárný Říšský sněm. Zastupoval volební obvod Humpolec v Čechách. V Národním výboru byl poměrně aktivní, ve Vídni na Říšském sněmu však působil více jako novinář než jako poslanec. V prosinci 1848 na svůj poslanecký mandát rezignoval.

Havlíček nadále vystupoval velmi ostře proti vládě. V důsledku zavedení kaucí na politická periodika byl nucen přestat vydávat satirickou přílohu Národních novin nazvanou Šotek. Po vyhlášení výjimečného stavu nad Prahou a okolím v důsledku tzv. májového spiknutí pražské vojenské velitelství v červnu 1849 Národní noviny zakázalo. Další vydávání bylo povoleno za Havlíčkův příslib, že se zdrží zásadní kritiky březnové oktrojované ústavy. Pro pokračující kritiku vládní politiky byly Národní noviny v lednu 1850 pražským vojenským velitelstvím zakázány. Havlíček hledal místo, kde by mohl pokračovat ve své žurnalistické činnosti mimo oblast výjimečného stavu. Usadil se v Kutné Hoře, kde založil časopis Slovan, který vycházel 2× týdně. Úřední orgány se však snažily jeho dosah komplikovat, redaktor byl sledován, podrobován domovním prohlídkám, několik čísel Slovana bylo zkonfiskováno a s Havlíčkem byly vedeny soudní procesy pro porušení tiskového zákona, což Havlíček ve Slovanu s osobitým humorem komentoval. Vládní strana se jej neúspěšně snažila přimět k loajalitě. V reakci na činnost opozičních žurnalistů bylo v létě 1851 vydáno opatření, na jehož základě bylo možné zakázat vydávání protivládních periodik, pokud obdrží dvě úřední výstrahy. Poté, co byly Slovanu tyto výstrahy uděleny, Havlíček sám v srpnu jeho vydávání zastavil.