K prioritám Ministerstva zemědělství patří například Ochrana území před povodněmi, jejímž cílem je zvýšit zásoby vody v krajině a snížit rizika, která vyplývají z povodní. Tuto prioritu se postupně daří naplňovat. Například vláda schválila informaci o přípravě III. etapy protipovodňových opatření (pro období 2014 – 2021) do konce roku 2013 a jejího finančního zabezpečení na základě novely vodního zákona s návrhem ekonomických nástrojů, kterými se zajistí diverzifikované finanční zdroje, bez potřeby výrazné podpory ze státního rozpočtu.

„Jedinou výjimkou v naplňování našich priorit je pozastavení pozemkových úprav zaměřených na protipovodňová opatření. Je to však pouze dočasné, než bude vyřešeno financování. Pokud jde o další priority, které se daří naplňovat, byla v rámci transformace organizací v působnosti Ministerstva k letošnímu 30. červnu ukončena činnost organizační složky státu Zemědělské vodohospodářské správy. Jejím účelem bylo zkvalitnění péče o drobné vodní toky,“ říká ministr zemědělství Petr Bendl. Správa drobných vodních toků byla k 1. 1. 2011 převedena na s. p. Povodí a Lesy ČR. Péče o hlavní odvodňovací zařízení byla od 30. 6. 2012 převedena ze Zemědělské vodohospodářské správy (ZVHS) na Pozemkový fond, zbytkové agendy na MZe.

Ministerstvo se také zaměřuje na rozvoj venkova jako celku a podporu místní výroby potravin a prodej ze dvora. Cílem je zvýšení zastoupení regionálních potravin na trhu a také poptávky po kvalitních čerstvých potravinách. „Naše průzkumy ukazují, že lidé tento trend vítají, protože je zajímá kvalita a původ nabízeného zboží. Potvrzují to i výrobci, kteří zaznamenali zvýšenou poptávku třeba po zboží, které díky své kvalitě získalo označení Regionální potravina. Tento projekt Ministerstva zemědělství je jedním ze způsobů, jak nepřímo napomáhat malým a středním podnikatelům nabízejícím kvalitní potraviny jasného původu,“ uvádí ministr Bendl. Byla také například splněna priorita odstranění bariér v legislativě a monitoring produktů živočišného původu dovezených z členských států Evropské unie do České republiky.