V dlouhých jednáních vedených roky k nalezení trasy, kterou by měla D3 projít Středočeským krajem, byla ustanovena vládní skupina odborníků z Ministerstva dopravy a Ministerstva životního prostředí, vzniklá na základě programového prohlášení vlády.

Tato skupina 10 odborníků posuzovala dva základní koridory: tzv. západní, dříve nazývaný stabilizovanou trasou, a tzv. východní, dříve nazývaný Promika dle ateliéru, který ji projektoval. V poměru 5:4 (jeden hlas se zdržel) doporučila trasu západní. Dále bylo provedeno komparativní posouzení obou tras firmou Cityplan, která západní trasu též vyhodnotila jako mírně lepší. Posudek vlivu na životní prostředí též mírně preferuje západní trasu, a to především pro menší zatížení okolního obyvatelstva, ale také pro výrazně menší problémy s dopravou při vlastní výstavbě středočeské části dálnice. Pokud by se měla stavět částečně v trase dnešní silnice E55, znamenalo by to nejen mnoho dopravních omezení v úseku Benešov-Mirošovice-Praha, ale i nutnost výstavby doprovodné komunikace, na kterou by byla přesunuta doprava vozidel, která nemají jízdu na dálnici povolenou kvůli své nízké rychlosti.

Při vlastním veřejném projednávání posudku vlivu na životní prostředí se písemně a poté i ústně představitelé dotčených samospráv, obcí, měst i krajů z obou tras, představitelé státních orgánů a institucí vyjadřovali velkou většinou pro trasu západní, která je navíc zakomponována do Územního plánu Středočeského kraje a počítá se s ní i v Zásadách územní politiky kraje do budoucna.