Provoz klášterů je rozdělen mezi tři partnery, Městské divadlo Český Krumlov o.p.s., Centrum barokní kultury, z.s. a Střední uměleckoprůmyslovou školu sv. Anežky České. Každý z partnerů má nadefinované programové činnosti, které musí v průběhu každého roku plnit. Městské divadlo Český Krumlov jako hlavní partner projektu spravuje provoz expozic, pořádá koncerty a divadla, organizuje workshopy v řemeslných dílnách a mnoho dalšího. Centrum barokní kultury připravuje koncerty barokní hudby, na které navazuje semináři o barokní hudbě a tanci. Střední uměleckoprůmyslová škola sv. Anežky České do areálu klášterů umístila tři učební obory, a to Užitá fotografie a média, Scénická technika a Grafický design, v rámci kterých pořádá workshopy, alternativní divadla, výstavy a projekt Architektura.