Úpravami projde nejen železniční svršek a spodek, ale také přejezdy, mosty, trakční vedení či sdělovací a zabezpečovací zařízení. Celková přestavba pak čeká zastávku Čelákovice-Jiřina, kde se zrekonstruují nástupiště s délkou 220 m a nástupní hranou v normové výšce 550 mm nad temenem kolejnice. Zbudují se nové přístřešky, které budou rozšířeny na výhledový počet cestujících. Těm budou sloužit i nové informační tabule.

Hlavním cílem projektu je zvýšit kapacitu trati, která plní významnou roli v pražské příměstské dopravě. Současně dojde ke zvýšení traťové rychlosti až na 140 km/h. Klíčovou součástí stavby bude výměna mostu přes Labe, který nevyhovuje současným potřebám železniční dopravy zejména kvůli svému šířkovému uspořádání. Most bude nahrazen novou nosnou konstrukcí včetně úpravy spodní stavby. Ta umožní v budoucnu napojení samostatné konstrukce lávky pro pěší a cyklisty. Po přestavbě bude most splňovat podjezdnou výšku minimálně 5,25 metru (dosud to bylo 4,7 metru), stavebně bude připraven na podjezdnou výšku sedm metrů.